Moderný prístup k výstavbe diaľnic automaticky počíta s opatreniami, ktoré prispejú k zadržiavaniu vody či zachovaniu biodiverzity. Tieto kritériá sú zohľadňované už v raných štádiách prípravnej fázy infraštruktúrnych projektov. Napríklad zadržiavanie vôd v krajine a ich prirodzené vsakovanie sa riešia už v prvých fázach projektovej dokumentácie. Jedným z najpoužívanejších riešení je výstavba retenčnej nádrže, ktorej funkciou je zachytenie dažďovej vody a jej postupné vsakovanie do horninového prostredia.
Takéto retenčné nádrže, teda jazierka môžu motoristi vidieť napríklad na D1 v križovatke Triblavina pri Bratislave či v križovatke Blatné, ale aj v budúcej križovatke D1/D4, ktorá je momentálne vo výstavbe. Súčasťou križovatky bude hneď niekoľko retenčných nádrží s odlučovačom ropných látok. Odlučovače prečistia vodu, ktorá sa potom v nádržiach nahromadí a postupne sa vsakuje do horninového prostredia. V lokalitách s nízkou priepustnosťou horninového prostredia a s vysokou úrovňou hladiny podzemnej vody v lete pomáha znižovať objem vody v retenčných nádržiach aj samotný odpar.
K zadržiavaniu vody výrazne prispievajú aj mokrade. Národná diaľničná spoločnosť aktuálne revitalizuje mokraď na stavbe R2 Košice, Šaca – Košické Oľšany, II. úsek. Má rozlohu vyše 52 000 štvorcových metrov a súčasťou revitalizácie je okrem tvorby sústavy jazierok a retenčnej nádrže aj zasadenie vhodnej zelene. Mokrade predstavujú jednu z najcennejších zložiek životného prostredia. Okrem zadržiavania vlahy pomáhajú zachovávať aj prírodnú rozmanitosť rastlín a živočíchov.
Na zachovanie biodiverzity a migračnej priepustnosti krajiny slúžia i migračné objekty pre zver. Najviditeľnejšie sú ekodukty, ktoré tvoria pomyselný most pre živočíchy. Nielen, že umožňujú presun veľkých šeliem a inej zveri ponad diaľnicu, ale výrazne znižujú aj riziko nehôd v dôsledku stretu so zverou. Pre migráciu menších cicavcov a na vodu viazaných živočíchov zase slúžia rôzne typy podchodov a priepustov, ktoré ich prevedú popod diaľnicu. Účinným opatrením pre zamedzenie vstupu živočíchov na komunikáciu je aj oplotenie diaľnic, ktoré zároveň navádza živočíchy k migračným objektom.
Diaľničná infraštruktúra disponuje i prvkami na ochranu vtáctva. Na miestach s vyšším výskytom vtáctva sú budované ochranné steny, vďaka ktorým sa vtáci diaľnici oblúkom vyhnú. Často na tento účel slúžia protihlukové steny, ktoré sú navrhované a realizované z nepriehľadného materiálu. Na zamedzenie nárazov operencov do protihlukových stien slúži aj nainštalované osvetlenie, nachádza sa napríklad v protihlukovkách na D3 nad Hričovskou priehradou.