Národná diaľničná spoločnosť zabezpečila dopracovanie primeraného posúdenia vplyvov projektov R2 Košice, Šaca - Košické Oľšany I. a II. úsek na územia sústavy NATURA 2000. Dôvodom realizácie je pripravované rozšírenie siete NATURA 2000 rezortom životného prostredia o 33 nových Území Európskeho významu. Projekt R2 Košice, Šaca – Košické Oľšany II. úsek bude v konflikte s dvomi územiami, ktoré budú vyhlásené za Územia Európskeho významu v etape NATURA C+.
V prípade novonavrhovaných Území Európskeho významu ide o tieto územia:
- SKUEV4010 Dolný tok Hornádu
- SKUEV4007 Dolný tok Torysy
Okrem vyhodnotenia vplyvu na novonavrhované Územia Európskeho významu obsahuje toto dopracované primerané posúdenie aj vyhodnotenie vplyvu na ciele ochrany pre všetky Územia Európskeho významu, ktoré budú projektom R2 Košice, Šaca – Košické Oľšany ovplyvnené. Pre ÚEV v blízkom okolí hodnoteného projektu spracovala Štátna ochrana prírody SR pre Národnú diaľničnú spoločnosť návrhy cieľov ochrany troch území – ÚEV Haništiansky les, ÚEV Hornádske meandre a ÚEV Dolný tok Hornádu. Pre navrhované ÚEV Dolný tok Torysy pripravil zhotoviteľ dokumentácie návrh cieľov ochrany na základe konzultácie so Štátnou ochranou prírody SR extrapoláciou z návrhu cieľov ochrany ÚEV Dolný tok Hornádu, a pre CHVÚ Košická Kotlina boli ciele ochrany vypracované už v minulosti, v rámci programu starostlivosti o CHVÚ Košická Kotlina.
Národná diaľničná spoločnosť prebrala od zhotoviteľa dokumentácie finálne dielo 19.3.2021. Z jej záverov vyplýva, že projekty rýchlostnej cesty R2 Košice, Šaca – Košické Oľšany I. a II. úsek nebudú mať významný nepriaznivý vplyv na integritu území sústavy NATURA 2000 samostatne ani v kombinácii s inými projektami.